早在四五万年前，由于冰川时期海平面降低，密克罗尼西亚人的祖先通过陆桥开始从东南亚来到这里定居。一万年前，大冰河时代结束，海平面上升，南太平洋不同岛屿上的居民开始形成独自的文化。早期居民有着深色皮肤和卷曲的头发，以狩猎和采集为生。

至9000年前，园艺技术从亚洲传播过来，种植业和猪、鸡、狗等家畜的饲养代替了原始的生活模式。大约5000年前，来自日本、中国、菲律宾群岛的蒙古人种来到雅浦岛及其周边岛屿。他们有浅色皮肤和黑色直发。随后有部分美拉尼西亚人和波利尼西亚人迁入。在欧洲殖民者侵入前，社会处在原始公社制解体阶段，阶级分化已经非常明显，乃至出现早期奴隶制。但是，母系氏族制度仍然普遍存在，氏族首领多为女性，女性祖先崇拜依然盛行。