1878年，德国海军船长维尔纳与拉利克群岛的岛民签订条约，德国获得了在马绍尔群岛的贸易特权。该条约规定马绍尔群岛酋长确保居住在马绍尔群岛上的德国公民的权利不受侵犯，并给予了德国在马绍尔群岛西部的“最惠国待遇”，这一“最惠国待遇”包括自由进出贾卢伊特岛、在贾卢伊特岛开设装煤站，以及使用马绍尔群岛任何港口的权利。同时，该条约把解决德国贸易商与当地居民纠纷的实际权力赋予了德国政府，德国的利益凌驾于当地酋长的特权之上。该条约是德国政治干涉马绍尔群岛的第一步，并最终导致了德国对马绍尔群岛的吞并。

德国在1871年统一之后，迅速跃升为欧洲一流强国。借助于不断上升的民族主义情绪，德国开始在世界范围内开疆拓土，建立势力范围和殖民地。德国在海外开辟殖民地的时间远远落后于老牌殖民强国法国、英国和西班牙，但是在19世纪70年代之前，它就已经在太平洋建立了贸易霸权。德国商人控制了汤加和萨摩亚80%以上的海外贸易份额，在加罗林群岛和马绍尔群岛，德国商人控制了同样比重的海外贸易份额。爱德华·海恩斯海姆和其他主要德国公司的领导人呼吁德国政府吞并德国在其中占有贸易优势的太平洋群岛。起初，全心关注欧洲事务的德国首相俾斯麦并不理会他们的请求，但是在19世纪70年代之前，他实施了一系列积极的对太平洋群岛的政策。德国政府于1878年先后与埃利斯群岛、吉尔伯特群岛、约克公爵群岛和马绍尔群岛的酋长签订了一系列条约，这些条约赋予德国贸易特权，并允许德国在这些群岛开设装煤站。虽然德国在马绍尔群岛取得了一系列特权，但是，碍于英国在太平洋地区的强大存在，它并不敢在不经英国允许的情况下擅自吞并马绍尔群岛。1876年，德国与英国达成了划分势力范围的协议，根据该协议，俾斯麦群岛、新几内亚的一部分和北太平洋区域是德国的势力范围，而南太平洋区域则是英国的势力范围。随着该协议的达成，英国撤离了马绍尔群岛，德国获得了对马绍尔群岛的实际控制权。

随着德国在太平洋区域贸易优势的扩大，海恩斯海姆和其他商人进一步向德国政府施加压力，要求德国政府吞并马绍尔群岛以保护德国商人的利益。俾斯麦转向英国寻求其对德国吞并马绍尔群岛政策的支持，英国与德国又一次就殖民政策达成了协议。1885年4月，英国正式支持德国吞并马绍尔群岛，以换取德国对英国太平洋殖民政策的支持。在英国的支持下，德国于1886年正式吞并了马绍尔群岛，马绍尔群岛沦为德国的保护领地。由于德国与马绍尔群岛相距遥远，为避免高昂的行政负担，德国政府委托贾卢伊特公司代为治理马绍尔群岛，贾卢伊特公司成为治理马绍尔群岛的实际实体。

借助美西战争，德国进一步扩展了其在太平洋地区的殖民地和势力范围。1898年，美西战争爆发，西班牙战败。德国利用西班牙处于内外交困之窘境的机会，向西班牙抛出购买其在密克罗尼西亚的殖民地的协议。由于急需钱财，西班牙迫不及待地与德国签署了售卖殖民地的协议，德国由此获得了对乌杰朗环礁和埃内韦塔克环礁的所有权，进一步扩大了其在马绍尔群岛的领土范围。1906年，德国政府正式取消了贾卢伊特公司对马绍尔群岛的管辖权，开始对马绍尔群岛实施直接统治。德国政府在贾卢伊特岛建造了办公场所，任命了管理马绍尔群岛的政务专员。

在沦为德国的保护领地之前，马绍尔群岛在西方文明的影响下就已经开启了现代化的进程。马绍尔群岛居民对西方文明秉持开放与包容的心态，促进了马绍尔群岛社会的发展和进步，外部力量在马绍尔群岛社会发展和进步中起到的作用微乎其微。因此，在德国统治马绍尔群岛期间，德国政府在马绍尔群岛社会发展中的作用非常小，德国政府提供了一些基础服务，但是，它把其他的社会管理任务转让给公司和教堂来承担。这些公司和教堂成为推动马绍尔群岛社会进步的主要力量。在马绍尔群岛，德国当局从不费心去实施诸如建造公路和港口的公共工程计划。因此，当德国政府终止贾卢伊特公司对马绍尔群岛的治理权，并把马绍尔群岛合并到密克罗尼西亚进行治理时，马绍尔群岛居民的生活未受任何影响。行政管理权力的转移带来的主要影响仅是行政首长名称的变化，即由原来的高级专员变为政务专员。

在德国统治马绍尔群岛期间，马绍尔群岛变化最大的当属宗教领域。随着德国政府在马绍尔群岛统治地位的确立，天主教开始渗入马绍尔群岛，并改变了马绍尔群岛宗教力量的对比。德国圣心传教会最初于1899年抵达贾卢伊特岛，三年后，一些德国修女追随他们的脚步来到马绍尔群岛。截至1906年，活跃于马绍尔群岛的天主教传教士已增加至20人，同时，天主教在利基普环礁和阿尔诺环礁开始建造天主教教堂。天主教力量的增强对当地教会构成了威胁。在天主教进入马绍尔群岛之前，当地居民普遍信奉新教。新教的影响在马绍尔群岛根深蒂固，因此，天主教的传播虽然改变了一些当地人的信仰，但是皈依者并不多。

虽然没有受到当地人的追随，但是，天主教会在创办和运作学校方面取得了很大的成功。天主教会以德国的公立小学为样板创建了教会学校，提供六至八年学制的教育，并教授关于德语的基础知识。天主教传教士与修女在教会学校中担任教师。虽然新教创建的三年制教会学校数量众多，且分布于马绍尔群岛的大部分村庄，但是，天主教会在教育领域取得的成绩很快就使新教黯然失色。天主教教会学校的规模较小，每年招生20～30人，且大部分学生是寄宿生，但是它的招生对象仅限富贵人士的子女——欧洲人或地位最高的酋长的子女。虽然宗教竞争妨碍了天主教教会学校在利基普环礁和阿尔诺环礁的进一步扩展，但是天主教创建的圣心小学赢得了“德属密克罗尼西亚最好的学校”的声誉，并把它在贾卢伊特岛的招生规模扩大至80人。平民大众开始把子女送到天主教教会学校，因此，天主教教会学校中本土学生的数量开始超越了欧洲学生的数量。尽管天主教会在教育领域取得了巨大的成就，但是，鲜有当地人因此而皈依天主教会。天主教会取得的主要成就是在马绍尔群岛获得了天主教的传教点，并赢得了新教徒的尊敬。

在德国统治期间，马绍尔群岛曾遭受自然灾害的侵袭。1905年6月，飓风和海啸袭击了马绍尔群岛的南部岛礁，夷平了贾卢伊特环礁上的所有建筑，并导致大约200人死亡。正如密克罗尼西亚的其他地区一样，马绍尔群岛居民也遭受到了欧洲人带入的疾病的威胁。1907年，流行性痢疾在埃邦环礁造成150人死亡；次年，400多名马绍尔群岛居民因流行性痢疾而丧命。在德国吞并马绍尔群岛之前，马绍尔群岛有居民13000～15000人，但因受欧洲人带入的疾病的侵害，马绍尔群岛的人口在1908年降至9200人。

德国政府解除贾卢伊特公司对马绍尔群岛地区的管辖权，并未影响马绍尔群岛地区的商业，马绍尔群岛地区的商业依旧繁荣。虽然密克罗尼西亚其他地区的椰干贸易萎靡不振，但是马绍尔群岛的椰干贸易依旧繁荣。马绍尔群岛每年出口3600吨椰干，市值80万马克。马绍尔群岛的贸易出口额是密克罗尼西亚其他地区贸易出口总额的两倍。虽然贾卢伊特公司大力拓展其在瑙鲁的磷矿业务，但是它依旧维持着它在密克罗尼西亚建立的贸易网络。贾卢伊特公司在马绍尔群岛地区的贸易垄断权被打破之后，其他的竞争者也尝试进入马绍尔群岛，但是贾卢伊特公司依然垄断椰干贸易的大部分份额。

1912年，为拓展业务，贾卢伊特公司的分公司——马绍尔种植业集团曾委托代表考察马绍尔群岛的北部地区，以购置岛礁开辟椰子种植园。在考察北部岛礁之后，该公司与当地酋长协商购买比基尼、朗格拉普等环礁开辟种植园，但是，当地酋长的要价大大超过了该公司的承受能力，由此导致其扩张计划的流产，然而这一计划却得到德属新几内亚总督哈尔的响应。在哈尔的推动之下，德国当局在1914年制订了征用岛礁开辟种植园的计划。根据该计划，德国当局将征用比基尼、朗格拉普等环礁，并重新安置所征用环礁上的居民。哈尔总督试图通过该计划打破当地酋长对土地的垄断和推动马绍尔群岛经济的发展，以确保德国的商业利益不受竞争对手——日本与澳大利亚的损害。但是，第一次世界大战的爆发打乱了哈尔的计划。